《审计法》规定审计机关实施审计的程序主要有：
一、审计准备阶段。审计机关根据项目审计计划，对被审计单位的审计事项开展审前调查活动，制定审计工作方案，并按要求组成审计组，在实施审计三日前，向被审计单位送达审计通知书。
二、审计实施阶段。审计人员通过审查会计凭证、会计账簿、会计报表，查阅与审计事项有关的文件、资料，检查现金、实物、有价证券，向有关单位和个人调查等方式进行审计，并取得审计证明材料；审计人员向有关单位和个人进行调查时，应当出示审计人员的工作证件和审计通知书副本。
三、审计报告阶段。审计组对审计事项实施审计后，应当向审计机关提出审计报告。审计报告报送审计机关前，应当征求被审计单位的意见。被审计单位应当自接到审计报告之日起十日内，将其书面意见送交审计组或者审计机关；自接到审计报告十日内未提出书面意见的，视同无异议。审计组应当审查被审计单位对审计报告的意见，进一步核实情况，根据所核实的情况，对审计报告作必要修改，并将审计报告和被审计单位的书面意见一并报送审计机关。
四、审计处理阶段。审计机关审定审计报告，对审计事项作出评价，出具审计意见书；对违反国家规定的财政收支、财务收支行为，需要依法给予处理、处罚的，在法定职权范围内作出审计决定或者向有关主管机关提出处理、处罚意见。审计机关应当自收到审计报告之日起三十日内，将审计意见书和审计决定送达被审计单位和有关单位。审计决定自送达之日起生效。审计决定需要有关主管部门协助执行的，应当制发协助执行审计决定通知书。被审计单位应当执行审计决定，并将应当缴纳的款项按照财政管理体制和国家有关规定缴入专门账户；依法没收的违法所得和罚款，全部缴入国库。被审计单位或者协助执行的有关主管部门应当自审计决定生效之日起三十日内，将审计决定的执行情况书面报告审计机关。审计机关应当自审计决定生效之日起三个月内，检查审计决定的执行情况。被审计单位未按规定期限和要求执行审计决定的，审计机关应当责令执行；仍不执行的，申请人民法院强制执行。被审计单位对地方审计机关作出的审计决定不服的，应当先向上一级审计机关或者本级人民政府申请复议；对审计署作出的审计决定不服的，应当先向审计署申请复议。审计机关应当自收到复议申请之日起二个月内作出复议决定。遇有特殊情况的，作出复议决定的期限可以适当延长；但是，延长的期限最长不得超过二个月，并应当将延长的期限和理由及时通知复议申请人。
